מכון מים חיים הוקם על ידי תלמידי ישיבת מרכז הרב ששמו להם למטרה להוציא לאור מתורתם של רבני הישיבה שליט"א. המכון עוסק בעריכת שיעורים ושיחות שנמסרו על ידי רבני הישיבה, במגוון נושאים אמוניים המתבררים ונלמדים בבית המדרש של הישיבה.

המכון נקרא מים חיים על שם הפסוק (זכריה יד, ח-ט): "והיה ביום ההוא יצאו מים חיים מירושלים…". חז"ל מלמדים כי 'אין מים אלא תורה', ואם נוכל נוסיף ונאמר שאין 'מים חיים' אלא תורת החיים שלימדונו מרן הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל, רבנו הרב צבי יהודה זצ"ל ורבותינו ראשי הישיבה זצ"ל, המדריכה אותנו בדור התחייה. שאיפתנו היא להיות שותפים בהוצאת מים חיים אלו, מירושלים בה שוכנת הישיבה המרכזית העולמית, אל מעגלים רחבים בעם ישראל.

בנוסף, המכון כשמו כן הוא: כמים חיים ורעננים לציבור גדול שצמא לשמוע ולקבל מתורתה של הישיבה, וכבר קיבל את החוברות שיצאו עד כה בהתלהבות רבה.