החוברת וכונן מקדשך מחולקת לשני חלקים: החלק הראשון, "אגדות החורבן",
עוסק באגדות החורבן שבמסכת גיטין. החלק השני, "עבודת בין המצרים", נערך מתוך שיעורים שנתן הרב בימי בין המצרים,
על פסוקי הקרבנות כפי שהם מתבארים בסידור 'עולת ראיה'. מעבר לביאורים הרחבים והקולחים,
ניתנה בשיעורים אלו התייחסות גם לעבודת הימים המיוחדים.

מפני שהשיעורים ניתנו בהזדמנויות שונות יש מספר כפילויות ביניהם. עם זאת, לא נמנענו מלהביא את הדברים פעמיים,
כדי שלא להפריע את סידור הדברים השוטף. כך גם ניתן ללמוד כל פרק בפני עצמו, ללא הסתמכות על הפרקים הקודמים.
במהדורה השנייה הוספנו שיחה של מרן רה"י אברהם שפירא זצ"ל שנאמרה לאחר הגירוש מגוש קטיף וצפון השומרון ת"ו,
וכן שיחה של הרב מגנס בנושא זה. כמו כן הוספנו שיעור נוסף בחלק של 'עבודת בין המצרים',
ועוד הוספנו מאמר חדש בעניין האבלות שבבין המצרים.